Las skills a nivel 0, suelen generar problemas (a mi me pasó, cuando me di cuenta de ello haciendo pvp con mis otras cuentas, te das cuenta que puede afectar bastante), mi caso en general con esto, fue porque le puse las skills de leadership pasivas (Siege warfare, armor warfare, information warfare y skirmish warfare) al 0 a mi alter de pvp (eso lo hice cuando fuy a catch, a nullsec por primera vez), ya que pense que mi personaje main (en ese momento, estaba enfocado a la industria), nunca pisaria el pvp, y desde que cambie los roles de algunos de mis personajes, me di cuenta de que me equivoque.
El fallo fue, que nunca me las subi esas skills, y lo unico que hice, fue insertarlas a nivel 0. Por lo tanto, el problema que me ocasiono, era que al poner a mi main (pj principal) como wing (para que diese los bonus de la command ship), y mi main de pvp (el que hacia el 1r disparo, tackler), me di cuenta, que los bonus no se me aplicaban.
Entonces, configure para que el squad leader, no diese bonus (Revoke booster en el menu de flota – click derecho al nombre del personaje dentro de la flota).
Despues de hacer eso, ya funcionaba todo correctamente. Por lo tanto, si te insertas skills al personaje, subetelas minimo al 1, sino te pueden perjudicar, y en este tipo de caso, es facil de solventar porque se le puede dar a revoke booster, pero debe haber otros casos que no podrá ser asi.